【大阪・製造業100人超】変形労働時間制と36協定の落とし穴｜未払残業代リスクを回避する労務管理術

大阪で製造業を営む経営者・人事担当者の皆様、従業員数が100人を超えてから、労務管理の複雑さに悩まされていませんか？
大阪は製造業比率28%と全国平均（16%）の約1.7倍を誇る「ものづくりのまち」です。東淀川区、生野区、八尾市など、中小製造業が集積する地域では、創業時は家族経営だった企業が100人超の中堅企業へと成長するケースが数多く見られます。

この記事では、私たち寺田税理士・社会保険労務士事務所（社労士法人フォーグッド）が、大阪の製造業100人超企業が直面する変形労働時間制と36協定の落とし穴を徹底解説し、未払残業代リスクを回避する実践的な労務管理術をご紹介します。

リスク1. 労基署の臨検対象になりやすい

100人以上の企業は労基署の重点監督対象となりやすく、特に製造業は長時間労働や変形労働時間制の運用ミスが多いため、臨検の頻度が高まります。大阪労働局では製造業向けの労働時間適正化キャンペーンも実施しており、東淀川区、生野区、八尾市など製造業集積地の企業は特に注意が必要です。

リスク2. 未払残業代請求が巨額化しやすい

100人超の企業では、未払残業代が発生すると、その金額が数千万円〜数億円に膨らむケースがあります。特に、変形労働時間制や36協定の運用ミスがあると、「そもそも制度が無効」と判断され、全ての時間外労働が割増賃金の対象となり、当分の間最大3年分（賃金請求権の消滅時効は原則5年だが、経過措置により当分の間3年）の未払残業代を一括請求されるリスクがあります。

リスク3. 採用・定着に悪影響

労基署の是正勧告を受けたり、未払残業代の訴訟が起きたりすると、企業のイメージが低下し、採用活動や人材定着に深刻な影響を与えます。特に製造業では技術継承が重要ですが、若手人材が集まらなければ、事業の継続自体が困難になります。

【よくある間違い】

• 就業規則に「変形労働時間制を採用する」と書いてあるだけで、具体的な労働時間の配分が明記されていない
• 変形期間（1ヶ月単位 or 1年単位）が不明確
• 変形期間の起算日が明記されていない
• 対象となる従業員の範囲が曖昧

【正しい対応】

就業規則には、以下の事項を具体的に明記する必要があります。

• 変形期間（1ヶ月単位 or 1年単位）
• 変形期間の起算日（例：毎月1日〜末日）
• 変形期間における労働日、労働日ごとの労働時間
• 対象となる従業員の範囲

【よくある間違い】

• 1年単位の変形労働時間制を採用しているのに、労使協定を締結していない
• 労使協定を締結しているが、労働基準監督署への届出を忘れている
• 労使協定の有効期間が切れているのに更新していない
• 従業員代表の選出方法が不適切（社長が指名したなど）

【正しい対応】

1ヶ月単位の変形労働時間制: 就業規則等による制度設計が必要（※就業規則自体の届出義務は、常時10人以上の労働者を使用する場合に別途適用）
1年単位の変形労働時間制: 労使協定の締結が必須で、かつ労働基準監督署への届出が必要（届出がないと無効）

【よくある間違い】

• 変形期間の途中で労働時間を変更している（例：繁忙期だからと勝手に10時間/日に変更）
• 変形期間の法定労働時間を超えた時間外労働をさせているのに36協定を締結していない
• 休日労働と時間外労働の区別が曖昧
• 勤怠管理が紙ベースで、実労働時間の把握ができていない

【正しい対応】

• 変形期間の労働時間は事前に就業規則や労使協定で定める（途中変更は原則NG）
• 変形労働時間制を導入していても、法定労働時間（原則1日8時間・週40時間、変形制なら平均週40時間）を超えて時間外労働をさせる場合は36協定が必要
• 勤怠管理システムを導入し、実労働時間を正確に把握
• 変形労働時間制の運用状況を定期的に社労士にチェックしてもらう

【よくある間違い】

• 「うちは残業代を払っているから36協定は不要」と勘違いしている
• 36協定を締結しているが、労働基準監督署への届出を忘れている
• 36協定の有効期間（通常1年）が切れているのに更新していない

【正しい対応】

36協定は、時間外労働をさせる前に締結・届出が必要です。届出がない状態で時間外労働をさせると、労基法違反となり、罰則の対象になります。また、36協定の有効期間は通常1年なので、毎年更新が必要です。

【2019年4月から時間外労働の上限規制が厳格化】

36協定を締結していても、以下の上限を超えることはできません。

重要: 特別条項を設けても、月45時間を超えられるのは年6回までです。また、上限を超えると罰則（6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金）が科されます。

【よくある間違い】

• 特別条項の理由に「業務の都合により」など曖昧な表現を使っている
• 「恒常的な人手不足」など、臨時的・一時的とは言えない理由を書いている

【正しい対応】

特別条項を設ける場合、その理由は臨時的・一時的なものでなければなりません。

✅ 適切な理由の例:

• 予算・決算業務
• ボーナス商戦に伴う業務の繁忙
• 納期のひっ迫
• 大規模なクレームへの対応
• 機械トラブルへの対応

❌ 不適切な理由の例:

• 業務の都合により
• 恒常的な人手不足
• 業務量の増加

【よくある間違い】

• 「課長」「部長」という肩書きがあれば管理監督者だと思っている
• 管理監督者には残業代を払わなくていいと思っている（実際は深夜割増・休日割増は原則必要）
• 管理監督者の労働時間を把握していない

【正しい対応】

管理監督者と認められるには、以下の3要件を全て満たす必要があります。名称ではなく実態で判断されます。

• 経営者と一体的な立場: 経営方針の決定に参画し、労務管理について経営者と一体的な立場にある
• 出退勤の自由: 出退勤について厳格な制限を受けていない
• 地位にふさわしい待遇: 賃金等の待遇が、管理監督者としての地位にふさわしいものである

重要: 名ばかり管理職は管理監督者と認められません。また、管理監督者であっても深夜割増（午後10時〜午前5時）は原則として必要です。未払残業代請求のリスクが非常に高いため、社労士による診断が必須です。

【よくある間違い】

• タイムカードが紙ベースで、集計に時間がかかる
• 実労働時間と打刻時間が一致していない（例：8時打刻だが実際は7時30分から作業）
• 残業申請が事後承認になっている
• 管理監督者の労働時間を把握していない

【正しい対応】

• 勤怠管理システムを導入し、実労働時間を正確に把握
• 始業・終業時刻だけでなく、休憩時間も正確に記録
• 残業は事前申請・事前承認を徹底
• 管理監督者も含め、全従業員の労働時間を把握（過労死ライン80時間/月を超える従業員がいないかチェック）

【最悪のシナリオ】

就業規則の不備や労使協定の締結・届出漏れがあると、変形労働時間制や36協定が無効と判断されることがあります。この場合、全ての時間外労働が割増賃金の対象となり、当分の間最大3年分（賃金請求権の消滅時効は原則5年だが、経過措置により当分の間3年。適用関係は個別に確認が必要）の未払残業代を一括請求されるリスクがあります。

試算例（100人の製造業の場合）:

• 従業員100名
• 月平均残業時間: 30時間/人
• 平均時給: 1,500円
• 割増率: 1.25倍

未払残業代（3年分）: 約2億250万円

計算: 100名 × 30時間 × 1,500円 × 1.25倍 × 36ヶ月 = 2億250万円

【よくある間違い】

「固定残業代を払っているから残業代は不要」と勘違いしているケースが非常に多いです。しかし、固定残業代が有効と認められるには、以下の3要件を全て満たす必要があります。

• 通常の賃金と固定残業代が明確に区分されている
• 固定残業代に含まれる時間数が明示されている
• 固定残業代を超える時間外労働があった場合、差額を支払うことが明示されている

これらの要件を満たしていない場合、固定残業代は無効と判断され、全ての時間外労働について割増賃金を支払う義務が発生します。

注意: 固定残業代の時間数が大きいだけで直ちに無効とは限りませんが、例えば月80時間程度の時間外労働を恒常的に予定する合意が、公序良俗違反として無効と判断された裁判例（イクヌーザ事件・東京高裁平成30年10月4日判決など）もあります。固定残業代の設計には専門家による慎重な検討が必要です。

【高リスク】

「課長」「部長」という肩書きがあっても、実態が管理監督者の要件を満たしていない場合、名ばかり管理職と判断され、未払残業代を請求されるリスクがあります。特に、以下のケースは要注意です。

• 経営方針の決定に関与していない
• タイムカードで出退勤を管理されている
• 一般社員とほとんど変わらない賃金

試算例（管理職10名の場合）:

• 管理職10名（全員が名ばかり管理職と判断）
• 月平均残業時間: 50時間/人
• 平均時給: 2,000円
• 割増率: 1.25倍

未払残業代（3年分）: 約4,500万円

計算: 10名 × 50時間 × 2,000円 × 1.25倍 × 36ヶ月 = 4,500万円

【STEP1】臨検の通知（または突然の訪問）

定期監督の場合は事前通知がありますが、申告監督の場合は予告なしで訪問されることもあります。

【STEP2】書類の確認

労基署の調査官が以下の書類をチェックします。

• 就業規則、賃金規程
• 36協定、変形労働時間制の労使協定
• 労働者名簿、賃金台帳
• タイムカード、出勤簿
• 労働条件通知書
• 健康診断結果

【STEP3】聞き取り調査

経営者や人事担当者、場合によっては従業員に対して聞き取り調査が行われます。

【STEP4】是正勧告書の交付（指摘事項がある場合）

指摘事項がある場合、是正勧告書が交付されます。是正勧告書には、違反内容と是正期限が記載されており、期限までに是正報告書を提出する必要があります。

【STEP5】是正報告書の提出

是正期限までに違反内容を是正し、是正報告書を労基署に提出します。是正が不十分な場合、再度の臨検や書類送検に至ることもあります。

ビフォー（当事務所依頼前）

• 創業30年、従業員数が100人を超えてから労務管理が複雑化
• 変形労働時間制を採用しているが、就業規則の規定が曖昧
• 36協定は毎年更新しているが、特別条項の理由が不適切
• 課長職5名に残業代を支払っていない（名ばかり管理職のリスク）
• 勤怠管理が紙のタイムカードで、集計に月末3日間かかる
• 元従業員から未払残業代を請求され、約500万円を支払った
• 労務リスクを感じているが、何から手をつければいいかわからない

アフター（当事務所依頼後）

• 就業規則・賃金規程の全面見直し: 変形労働時間制の規定を明確化、固定残業代の要件を整備
• 36協定の見直し: 特別条項の理由を適切に修正、上限時間の管理体制を構築
• 管理監督者の見直し: 課長職5名のうち3名は管理監督者の要件を満たしていないと判断し、残業代支払いに切り替え（未払残業代リスクを回避）
• 勤怠管理システムの導入: クラウド型勤怠管理システムを導入し、集計時間を3日→30分に短縮（人事担当者の業務負担を月平均20時間削減）
• 助成金の活用: 非正規社員10名を正社員化し、正社員化支援の助成金800万円を受給
• 定期的な労務監査: 年2回の労務監査を実施し、法令順守を徹底

チェックポイント:

• 変形労働時間制の規定が明確か？
• 36協定の内容と一致しているか？
• 固定残業代の要件を満たしているか？
• 最新の法改正に対応しているか？
• 労働基準監督署に届出済みか？（常時10人以上の場合）

推奨: 社労士による就業規則診断（無料）を受け、不備があれば即座に修正

チェックポイント:

• 36協定の有効期限は切れていないか？
• 特別条項の理由は適切か？
• 時間外労働の上限を超えていないか？
• 月45時間を超えたのは年6回以内か？
• 従業員代表の選出方法は適切か？
• 労働基準監督署に届出済みか？

推奨: 年1回、社労士による36協定の見直しと更新支援を受ける

導入メリット:

• 実労働時間を正確に把握（タイムカードの改ざん防止）
• 残業時間の自動集計（月末の集計作業が不要）
• 36協定の上限時間を超えそうな従業員を自動アラート
• 過労死ライン（80時間/月）を超える従業員を早期発見
• 給与計算システムと連携し、人事担当者の業務負担を大幅削減

推奨: クラウド型勤怠管理システム（月額数万円〜）を導入し、DX推進の補助金を活用

チェックポイント:

• 管理監督者は経営方針の決定に参画しているか？
• 出退勤について厳格な制限を受けていないか？
• 賃金等の待遇が、管理監督者としての地位にふさわしいか？
• 深夜割増は適切に支払われているか？

重要: 名ばかり管理職は未払残業代のリスクが非常に高い。名称ではなく実態で判断されます。社労士による診断が必須。

労務監査の内容:

• 就業規則・賃金規程の法令適合性チェック
• 36協定・労使協定の有効性チェック
• 勤怠管理の適正性チェック
• 管理監督者の要件充足性チェック
• 未払残業代リスクの診断
• 労基署臨検を想定した模擬監査

推奨: 年1〜2回、社労士による労務監査を実施し、労基署臨検に備える

当事務所は、東淀川区、生野区、八尾市など、大阪の製造業集積地の企業を数多くサポートしてきました。100人超の中堅製造業が直面する労務課題を熟知しており、変形労働時間制、36協定、未払残業代リスクなど、製造業特有の問題に対して実践的なアドバイスを提供します。

当事務所は税理士法人も併設しており、税務と労務の両面から貴社をサポートできます。例えば、給与計算では社会保険料や所得税の知識が不可欠ですが、税理士と社労士が連携することで、ミスのない正確な給与計算を実現します。また、助成金受給時の税務処理もワンストップで対応できます。

当事務所の大阪企業での助成金・補助金受給実績は累計10億円以上です。製造業では、正社員化支援の助成金、人材育成支援の助成金、育児・介護支援の助成金など、様々な助成金を活用できます。当事務所では、貴社に最適な助成金を診断し、申請から受給までトータルサポートします。

100人超の製造業では、労基署の臨検を受けるリスクが高まります。当事務所では、労基署臨検の事前対策から、臨検当日の立ち会い、是正勧告への対応まで、トータルでサポートします。また、定期的な労務監査により、労基署臨検を想定した模擬監査を実施し、指摘事項をゼロにする体制を構築します。

当事務所は創業75年の実績を持ち、大阪・東京の2拠点で全国450社以上の企業をサポートしています。また、アイミツ「税理士と社労士が在籍するおすすめ事務所」実績部門で4年連続全国1位に選出されており、お客様からの高い評価をいただいています。

• 労務顧問契約: 変形労働時間制・36協定の運用支援、労基署臨検対応、定期的な労務監査
• 就業規則・賃金規程の作成・見直し: 製造業に最適な就業規則をオーダーメイドで作成
• 36協定・労使協定の作成・届出: 特別条項の適正化、上限時間の管理体制構築
• 勤怠管理システム導入支援: クラウド型勤怠管理システムの選定・導入・運用支援
• 給与計算代行: 変形労働時間制に対応した正確な給与計算
• 各種助成金申請代行: 受給可能な助成金の診断から申請までトータルサポート
• 管理監督者診断: 名ばかり管理職のリスク診断と是正支援
• 未払残業代リスク診断: 未払残業代のリスクを診断し、予防策を提案
• 税務顧問・記帳代行（寺田税理士事務所と連携）: 税務と労務をまとめてサポート

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